Der Botanische Garten der Johannes Gutenberg-Universität wurde in den Jahren 1946 bis 1955 angelegt. Das Areal, auf dem er entstand, war zuvor landwirtschaftliche Nutzfläche mit Feldern und Obstbäumen, zum Teil auch militärisches Übungsgelände. In der wirtschaftlich schwierigen Nachkriegszeit mussten sämtliche Aufbauarbeiten von den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern des Gartens sowie von Studierenden der Universität geleistet werden. Gründer und erster Direktor des Mainzer Botanischen Gartens war der Botaniker Prof. Dr. Wilhelm Troll (1897–1978). Bei der Anlage des Gartens wurde er durch Max Top (1895-1986), den ersten Technischen Leiter des Gartens, unterstützt.
Wichtigstes Ziel der Gartengründung war die Bereitstellung von Pflanzen für die universitären Lehr- und Forschungsaufgaben. Wilhelm Trolls Hauptinteresse galt der vergleichenden Morphologie der unterschiedlichen Pflanzengruppen. Um das Material für seine breit angelegten Studien zu kultivieren, wurde im Zentrum des Freilandgeländes eine große Systemanlage mit über 3.500 Einzelbeeten geschaffen. In diesem Bereich sind die Pflanzen nach verwandtschaftlichen Kriterien gruppiert. Bis Mitte der 1950er Jahre konnte auch die Anlage des Alpinums und der Bau der großen Pergola in der Biologischen Abteilung abgeschlossen werden. 1986 wurde der Garten um ein weiteres Teilareal ergänzt, auf dem eine Steppenanlage und eine Nachbildung des „Mainzer Sandes“ angelegt wurden. Im Jahr 2006 konnten diese Steppenpflanzungen im Zuge einer großen Umgestaltung ins Zentrum des Gartens verlagert werden.
Das erste Gewächshaus entstand im Jahr 1948, zwei weitere konnten 1952 gebraucht erworben werden. Das bis heute höchste Gewächshaus, der so genannte "Verbinder" (Haus 13) kam im Jahr 1954 hinzu. Während das Freiland des Botanischen Gartens von Beginn an Besuchern offen stand, waren die Gewächshäuser nie als "Schauhäuser" gedacht. Erst zu Beginn der 1990er Jahre wurden sie vom damaligen Leiter des Gartens, Prof. Joachim W. Kadereit PhD, für Studierende und Besucher geöffnet.
Weitere Informationen zur Geschichte des Botanischen Gartens der Johannes Gutenberg-Universität finden sie auf den Seiten zur Ausstellung "Pflanzen, Forschen, Erhalten - 60 Jahre Botanischer Garten Mainz".