Zapfen des Morgenländischen Lebensbaums - Platycladus orientalis (Foto R. Omlor)
Auf der Südseite der Systematischen Abteilung, in der die Familien der Blütenpflanzen (Angiospermen) angeordnet sind, befindet sich die Gymnospermen-Abteilung. Sie ermöglicht einen Überblick über die Nadelbäume als wichtigste Gruppe der Nacktsamer (Gymnosperme). Auch der Ginkgo, der ebenfalls zu den Gymnospermen gehört, ist hier mit männlichen und weiblichen Exemplaren vertreten. Er ist die einzige heute noch lebende Art der Ginkgogewächse, die vor etwa 265 Millionen Jahren entstanden sind und bis zum Beginn der Eiszeiten auch in Europa beheimatet waren. Die übrigen Vertreter der Gymnospermen – Cycadeen, Gnetum, Ephedra und Welwitschia sind in den Gewächshäusern zu sehen.
Die Nadelgehölze oder Koniferen dominieren vor allem in den borealen Wäldern der Nordhemisphäre. Sie sind von enormer wirtschaftlicher Bedeutung, umfassen aber weltweit nur 627 Arten in sechs Familien: Araucariaceae, Podocarpaceae, Cupressaceae, Taxaceae, Sciadopityacee und Pinaceae. Vertreter aller dieser Familien sind in der Gymnospermen-Abteilung zu sehen. Besonders eindrucksvoll sind die Gruppen der Urweltmammutbäume und Sumpfzypressen sowie die nordamerikanischen Küsten- und Bergmammutbäume.