Zweck der Stiftung ist die Förderung von Wissenschaft und Forschung sowie von Lehre, Bildung, Natur- und Umweltschutz, Kunst und Kultur am Botanischen Garten der JGU
Unter dem Dach der Johannes Gutenberg-Universitätsstiftung wurde eine neue Treuhandstiftung gegründet: Die Stiftung Botanischer Garten Mainz fördert Wissenschaft und Forschung sowie Lehre, Bildung, Natur- und Umweltschutz, Kunst und Kultur am Botanischen Garten der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU). Mit den Stiftungsmitteln können insbesondere Vorhaben finanziert werden, die den besonderen Charakter des Botanischen Gartens erhalten und pflegen – als einen Ort, an dem die Ästhetik der Natur erfahrbar ist und das Wissen über die Kulturgeschichte der Pflanzen bewahrt und vermittelt wird. Gefördert werden sollen auch Projekte zum Erhalt der biologischen Vielfalt, beispielsweise zum Schutz gefährdeter heimischer Wildpflanzenarten.